1956年建院时，由建院元老徐志章教授创建眼科并首任科主任，科室自创建以来为全疆各地培养输送了大批眼科人才，是国家级药物临床试验基地、国家级住院医师规范化培训基地、自治区临床重点专科，现已发展成为集医疗、教学、科研及预防为一体的二级学科，具有博士学位和硕士学位授权点。

科室开放床位42张，现有医技护人员33人，其中具有正高职称4人，副高职称3人，中级职称6人；博士研究生4人，硕士研究生11人。开设有白内障与晶状体疾病专业、玻璃体视网膜疾病专业、屈光手术专业、小儿眼科与斜弱视专业、青光眼及视神经疾病专业、眼眶病等亚专业。科室拥有ZEISS全飞秒屈光手术系统、ZEISS手术显微镜、ALCON 玻切超乳一体机、STORZ 超声乳化仪、STORZ 玻璃体切割仪、新生儿广域眼底成像系统、全域血流OCT、 眼前节分析仪、干眼治疗仪等国际一流的高端医疗设备，能够开展各种常规及疑难复杂的手术、操作及治疗。

科室拥有一批优秀的教学及科研人才，教授1人，副教授3人，承担新疆医科大学本科、研究生及留学生教学任务。学术任职：中国医师协会眼科分会任职委员、中华医学会眼科学分会任职委员、中国民族卫生协会眼学科任职全国委员、新疆医学会眼科分会常委。学术成果：承担国家自然科学基金5项、自治区级科研项目20余项，与上海复旦大学附属眼耳鼻喉科医院、中山大学中山眼科中心、天津市眼科医院等国内知名眼科中心建立了长期密切的合作。

眼科秉承“仁爱、诚信、精湛、卓越”的院训，致力于成为国内领先、西北一流的眼科专科，为全疆人民的视觉健康服务。